Puukentsefaliidiga on nii, et mõni põeb seda püstijalu, kurtes vaid veidi “gripinähte” ja peavalu, teine kahjuks sureb. Mõnel ei jää mingeid jääknähte, mõnel aga tekivad ülitõsised ning sageli püsivad tüsistused.

Üldiselt on nii, et aastate jooksul jääknähud leevenevad ja mingeid muid haigusest tingitud tüsistusi (insult, dementsus vms) pole vaja karta rohkem kui neil, kes ei ole haigust põdenud. 

Haiguse läbipõdemist saab hinnata vereproovis esinevate antikehade analüüsiga.